不同的苗木感病后，其癥狀不盡相同，但一般表現為莖腐。如銀杏苗一年生苗感病后，初期癥狀是莖基部變為褐色，葉片失去正常的綠色，稍向下垂，病部迅速向上發展后，全株枯死，葉片下垂不脫落。病莖皮層肥腫皺縮，表皮組織腐爛呈海綿狀或粉末狀，病菌浸入木質部，使髓部變為褐色或中空。病害擴展至根部后，使根皮層腐爛，如拔除疫苗，僅能拔出木質部而根部皮層則會留在土壤中。二年生苗木感病或一年生苗木發病輕的，病苗地上部部分死亡，當年可從基部發生新枝。炎熱的夏季，土壤溫度升高，當苗木莖基部受高溫灼傷時，病菌便侵入危害。若苗圃地低洼易積水，苗木生長瘦弱發病率會顯著增加。據觀察，苗木一般在梅雨結束后10至15天開始發病，以后發病率逐漸增加，至9月中旬停止發病。

防治莖腐病，應采取綜合防治的辦法：

    一是選擇地下水位較低，排水良好的地作苗圃，容器育苗，必須用無病原菌的土壤配制營養土堅持輪作制度，不在同一塊地連續培育同一種苗木。

    二是殺死病原菌。莖腐病菌是一種土生病菌，平時在土壤中營腐生生活。育苗前可用枯枝、枯葉、干草均勻撒在苗床上，點火焚燒，可殺死土壤中的病原菌。也可每畝苗圃地施入石灰粉25公斤或硫酸亞鐵粉15至20公斤，以抑制病原菌。

    三是施用腐熟肥料。肥料以農家肥為主，化肥為輔。垃圾肥和堆肥、廄肥可能帶菌，應堆置發酵腐熟后才能使用。一般每畝苗床施腐熟的精牛欄糞40至50擔。用草木灰做基肥，每畝50至60擔，肥效好，防病效果也好;

    四是在高溫季節搭蔭棚，可降低苗床溫度，可使發病率減少85%以上;

    五是提高幼苗抗病力，及時中耕除草、間苗、追肥使幼苗出土整齊，生長健壯。出苗期開始，每畝苗圃用波爾多液50至75公斤噴灑幼苗，使幼苗外表形成保護膜，防止病菌侵入。發病后，及時清除病苗，在病苗穴周圍撒石灰粉，以防止蔓延。在苗床上插松枝，或在苗圃上套種農作物或綠肥，干旱時灌水抗旱，對降低發病率也有一定的作用。